En la semifinal del torneo, fue eliminado por la sorpresa del torneo, el Cienciano del Cusco, club que a la postre se alzó con el título de la Copa Sudamericana. ° No se participa desde la temporada 1923-1924 hasta la 1927-1928 en competiciones ligueras (fundación de la liga 1929), lo que jugaban era un torneo válido para la clasificación de la Copa del Rey. Y en su último compromiso de la primera ronda, cayó derrotado en condición de visitante 3-0 con la Liga Deportiva Alajuelense.

En el enfrentamiento con Brasil en la siguiente ronda, Colombia fue derrotada 2-1, tras un polémico arbitraje. Luego, en la segunda ronda, Colón debió cruzarse con uno de los grandes: Boca Juniors. De esta forma el conjunto paisa se consagró como el único equipo colombiano en vencer a Boca Juniors en «La Bombonera» en partidos oficiales.

En cuartos de final, enfrentó a Boca Juniors. No obstante, en la revancha, Atlético Nacional ganaba 5-1, ganando parcialmente el título con el marcador agregado de 5-4, pero faltando tres minutos para el final, el argentino Walter Ribonetto marcó el 5-2 alargando la final a definición por penales. Athletic Grounds Ltd» -conocido también en forma más corta como Everton Athletic-, el club adoptó su actual nombre en marzo de 1892 y fue reconocido oficialmente por La Asociación del Fútbol tres meses después, después de que ésta se negara a reconocerlo como «Everton». Al entrar en el negocio podremos llevar a cabo tres acciones: guardar la partida, cambiar el negocio/repararlo o hacer misiones.

Al mismo tiempo, en el torneo local los resultados no se dieron ya que quedó séptimo de la tabla general, quedándose por fuera del cuadrangular final. En el siguiente partido, Nacional le ganó a Alianza Lima en Lima por un marcador de 3-2. En su tercer partido, con un marcador de 2-0, Nacional le ganó a la Liga Deportiva Alajuelense como local. Dicho hecho histórico se dio en el partido que enfrentó a la Unión Deportiva Almería y al Albacete Balompié correspondiente a la primera jornada de liga de la temporada 2019-20, concediendo el árbitro un penalti a favor del conjunto almeriense que no había señalado en un primer momento y que supuso el 1-0 de un partido que acabaría con un abultado y merecido 3-0 a favor del equipo indálico.

Dicho logro se consiguió bajo las órdenes del entrenador valenciano José Luis Oltra. A su vez, el alemán Jamal Musiala posee el récord de ser el goleador más joven del club tras anotar en la victoria 8:0 ante el Schalke 04 en un partido de liga el 18 de septiembre de 2020 a la edad de 17 años y 205 días. Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica, Necaxa de México, y Alianza Lima del Perú, eran los otros integrantes del grupo en el que se encontraba el Atlético Nacional. Juan José Peláez tomó la dirección técnica con jugadores como Freddy Grisales, Aquivaldo Mosquera y Milton Patiño, entre otros, con los cuales llegó a la final del Torneo Apertura contra su rival de patio, Independiente Medellín, en la primera final paisa de la historia del fútbol colombiano.

En el Finalización, luego que Luis Fernando Montoya fuese reemplazado por Alexis García en la dirección técnica, avanzó a los cuadrangulares semifinales, siendo último del Grupo B detrás de Deportivo Pasto, América de Cali y Unión Magdalena. No obstante al apoyo de su público, Atlético Nacional, orientado por Alexis García cayó goleado 0-4 con San Lorenzo de Almagro, lo cual dejó la final prácticamente decidida.

Pese a la debacle en la final de la Copa Sudamericana, Alexis García siguió al mando técnico de Nacional para el año 2003, en el cual el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B). La película también contó con ex jugadores de Grandes Ligas, incluido el ganador del premio Cy Young de la Liga Americana en 1982, Pete Vuckovich como el primera base de los Yankees Clu Haywood, el ex lanzador de los Cerveceros de Milwaukee Willie Mueller como el lanzador de los Yankees Duke Simpson, conocido como «El Duque», y el ex-receptor de los Dodgers Steve Yeager como el coach de tercera base Duke Temple.

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