El 20 de mayo de 1993 ganó la copa local venciendo 6-2 a Heerenveen, y el 8 de agosto se alzó con su primera supercopa neerlandesa por marcador de 4-0 sobre Feyenoord. El 13 de mayo de 1992, logró la Copa de la UEFA al imponerse por marcador global al Torino (2-2 en Italia y un empate sin goles en Ámsterdam) convirtiéndose en el segundo club, después de la Juventus en 1985, en ganar las tres principales competiciones europeas.

En la temporada 1996-97, alcanzó las semifinales en la Liga de Campeones, perdiendo 2-6 en el global ante la Juventus. Además de la ansiada Copa de Europa, el equipo conquistó su décimo séptima liga de forma invicta, la Supercopa neerlandesa, la Supercopa de Europa ante el Real Zaragoza. En 1972 logró un triplete al ganar la Liga, la Copa y la Copa de Europa. El club declinó participar de la Copa Intercontinental para defender el título luego de la experiencia del año anterior donde al visitar Argentina, el conjunto rival lesionó en el inicio del partido a la estrella del equipo, Johan Cruyff, presumiblemente con intención.

La segunda mitad de los años 1990 se caracteriza por ser el inicio del declive del equipo. Sin embargo, el inicio de la temporada no es el esperado y Sergi Barjuan es destituido como técnico de la U.D. Sin embargo, en el plantel destaca la presencia de un prolífico delantero llamado Ruud Geels, que se consagraría como goleador de la liga en cuatro temporadas consecutivas.

Desde 2002, el Ajax ha logrado siete ligas (2002, 2004, 2011, 2012, 2013, 2014 y 2019), cuatro copas (2002, 2006, 2007 y 2010) y cinco supercopas (2002, 2005, 2006, 2007 y 2013), además de haber llegado a semifinales de la Liga de Campeones en la temporada 2018-19; cuartos de final en la campaña 2002-03; los octavos de final en la 2005-06 y la final de la Europa League en 2016-17, siendo su primera final internacional en 21 años y representado por un conjunto de jóvenes talentos. Tras la consecución de las copas europeas, el Ajax entró en una etapa de cambios.

Así mismo, fue el primer equipo campeón de la Supercopa de Europa, habiendo ganado la primera edición (no oficial) al Rangers de Glasgow en 1972 y la primera oficial en 1973 reeditando el duelo con el Milan de Nereo Rocco, esta vez ganando contundentemente en un global de 6 a 1, siendo los dos rivales, los campeones europeos de la extinta Recopa de Europa, donde participaban los equipos campeones de las Copas Nacionales de cada país. En el último partido jugado el 28 de enero de 1973 Millonarios y Deportivo Cali igualaron 0-0 en Bogotá, lo cual dio a los «azules» el título con 5 puntos, seguido por Deportivo Cali con 4. Atlético Junior fue último con tres unidades.

Se enfrentaron nuevamente en la final de la Copa Colombia de 2013, y esta vez Atlético Nacional se llevó el título derrotando a Millonarios 3-2 en el global. El 28 de agosto de 1997 fue el debut internacional en copas para Colón, en el Estadio Nacional de Chile, donde enfrentó a la Universidad de Chile. Del mismo modo, el club lanzó «Tous PSG» (o «Plan Leproux»), un plan de lucha contra la violencia que aniquila todos los grupos de aficionados en el estadio.

Tras una efectiva segunda vuelta, el 4 de junio de 2019 consiguió el ascenso a Primera División en el estadio Son Moix de Palma de Mallorca, al obtener el subcampeonato de la Segunda División. Ésos son los Crocs Classic para adultos. En la ida en Ámsterdam empataron 1-1 y en la vuelta en Turín Ajax se impuso 2-1 para un global de 3-2 En la semifinal enfrentó al Tottenham. En la ida en Ámsterdam perdió 2-1 pero en el Santiago Bernabeu goleo 4-1 para un 5-3 en el global. En la temporada 1995-96, el Ajax conquistó su décimo octava liga y alcanzó por segunda vez consecutiva la final de la Liga de Campeones, camisetas de fútbol personalizadas baratas en la cual logró el subcampeonato ante la Juventus cayendo en tanda de penales.